De entre as competências das comissões, avulta a análise das iniciativas legislativas, a discussão e votação das propostas de alteração apresentadas e a elaboração de textos de substituição.
A audição de entidades externas e a discussão pública das iniciativas legislativas tem também lugar nas comissões, em razão da matéria tratada.
As petições dirigidas à Assembleia da República por cidadãos, a título individual ou colectivo, nos termos do artigo 52.º da Constituição são recebidas pelo Presidente da Assembleia da República que as remete para a comissão competente, podendo ser apreciadas em Plenário, nos termos do artigo 252.º do Regimento.
O processo de acompanhamento e construção da União Europeia é igualmente apreciado pelas diversas comissões, em especial pela Comissão de Assuntos Europeus, que elabora relatórios sobre as informações recebidas, de acordo com o previsto na alínea i) do artigo 197.º da Constituição.
A actividade das comissões espelha bem a diversidade de matérias abordadas na Assembleia da República.
Assim, na Comissão de Assuntos Constitucionais, Direitos, Liberdades e Garantias foram apreciadas diversas iniciativas legislativas, destacando-se a aprovação de alterações à Lei da Nacionalidade, ao Estatuto dos Deputados, ao regime dos referendos (flexibilizando os mecanismos da sua realização), ao regime de pensões e subvenções dos titulares de cargos políticos, bem como às Leis Eleitorais para as Assembleias Legislativas das Regiões Autónomas da Madeira e dos Açores, e à chamada «Lei formulário», para além da aprovação de limites à renovação sucessiva de mandatos dos presidentes dos órgãos executivos das autarquias locais, de regras para as nomeações dos altos cargos dirigentes da administração pública e da aprovação de uma lei da paridade (aplicável às listas para a Assembleia da República, para o Parlamento Europeu e para as autarquias locais).
A par destas, releve-se a aprovação de um novo regime jurídico das armas e munições e respectivos regimes jurídicos especiais, da Lei do Protocolo de Estado, da lei que cria a Entidade Reguladora para a Comunicação Social, bem como de uma Lei-Quadro da Política Criminal e de uma Lei de Bases da Protecção Civil, para além da aprovação de alterações à Lei de Organização do Tribunal de Contas, bem como ao Código de Processo Civil (em matéria de competência territorial dos tribunais e dos solicitadores de execução).
No âmbito das suas atribuições, a Comissão ocupou-se também de questões de interpretação ou aplicação de preceitos constitucionais e apreciou recursos de admissão de iniciativas legislativas.
A Comissão promoveu ainda, através da sua Subcomissão para a Igualdade de Oportunidades, um «Colóquio de Apresentação Pública do Relatório das Audições realizadas no âmbito da Avaliação dos Sistemas de Acolhimento, de Protecção e Tutelares de Crianças e Jovens» e realizou visitas no âmbito das suas atribuições, designadamente à Polícia Judiciária, para apreciação do regime de escutas telefónicas.
Por último, a Comissão procurou desburocratizar o tratamento do expediente recebido, tendo apreciado vários documentos, muitos dos quais continham verdadeiras queixas ou reclamações, correspondendo à percepção de que a apreciação daquelas exposições se traduz num esforço de aproximação do poder político aos cidadãos, permitindo, em muitos casos, não só resolver problemas individuais, como também detectar eventuais deficiências legislativas nas áreas de acção da Comissão.
A Comissão de Negócios Estrangeiros e Comunidades Portuguesas organizou um colóquio internacional sobre «A reforma da ONU», com a participação do Ministro dos Negócios Estrangeiros, Professor Diogo Freitas do Amaral, e de reputados representantes das diversas perspectivas participantes no debate sobre a proposta de reforma da ONU:

— A perspectiva europeia, na sua versão portuguesa, apresentada pelo Embaixador de Portugal na ONU, Dr. João Salgueiro, — A perspectiva norte-americana exposta pelo Professor Edward Luke, da Universidade de Columbia, nos EUA; — A perspectiva africana defendida pelo Embaixador do Gana na ONU, Sr. Nana Effah Apenteng.

Este colóquio contou com a participação do Presidente da Assembleia da República, tendo participado no debate numerosos diplomatas estrangeiros credenciados em Lisboa, bem como Deputados e público presente.
Em Fevereiro de 2006 uma delegação da Comissão de Negócios Estrangeiros deslocou-se pela primeira vez a Angola para visitar a Assembleia Nacional de Angola, reunindo com o respectivo Presidente, comissões parlamentares e grupos parlamentares do MPLA e da UNITA, tendo sido recebida por diversos membros do Governo angolano, nomeadamente pelo Ministro de Relações Exteriores. Para alem de visitar Luanda, a delegação da Comissão de Negócios Estrangeiros visitou diversos empreendimentos industriais e agrícolas, importantes infra-estruturas portuárias e uma escola portuguesa na região de Benguela e do Lobito.
Em Março de 2006 a Comissão de Negócios Estrangeiros aprovou o seu parecer relativo ao Tratado que estabelece uma Constituição para a Europa, em que conclui que «o texto do Tratado representa um avanço 27 DE OUTUBRO DE 2007
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